INSTITUTO DE PESQUISAS ENERGÉTICAS E NUCLEARES
Repositório Digital da Produção Técnico Científica

Controlling for artifacts in widefield optical coherence tomography angiography measurements of non-perfusion area

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dc.date 2019 pt_BR
dc.date.accessioned 2019-11-29T18:28:48Z
dc.date.available 2019-11-29T18:28:48Z
dc.identifier.issn 2045-2322 pt_BR
dc.identifier.uri http://repositorio.ipen.br/handle/123456789/30388
dc.description.abstract The recent clinical adoption of optical coherence tomography (OCT) angiography (OCTA) has enabled non-invasive, volumetric visualization of ocular vasculature at micron-scale resolutions. Initially limited to 3 mm × 3 mm and 6 mm × 6 mm fields-of-view (FOV), commercial OCTA systems now offer 12 mm × 12 mm, or larger, imaging fields. While larger FOVs promise a more complete visualization of retinal disease, they also introduce new challenges to the accurate and reliable interpretation of OCTA data. In particular, because of vignetting, wide-field imaging increases occurrence of low-OCT-signal artifacts, which leads to thresholding and/or segmentation artifacts, complicating OCTA analysis. This study presents theoretical and case-based descriptions of the causes and effects of low-OCTsignal artifacts. Through these descriptions, we demonstrate that OCTA data interpretation can be ambiguous if performed without consulting corresponding OCT data. Furthermore, using wide-field non-perfusion analysis in diabetic retinopathy as a model widefield OCTA usage-case, we show how qualitative and quantitative analysis can be confounded by low-OCT-signal artifacts. Based on these results, we suggest methods and best-practices for preventing and managing low-OCT-signal artifacts, thereby reducing errors in OCTA quantitative analysis of non-perfusion and improving reproducibility. These methods promise to be especially important for longitudinal studies detecting progression and response to therapy. pt_BR
dc.description.sponsorship Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) pt_BR
dc.format.extent 1-15 pt_BR
dc.relation.ispartof Scientific Reports pt_BR
dc.rights openAccess pt_BR
dc.subject ophthalmology
dc.subject retina
dc.subject biomedical radiography
dc.subject tomography
dc.subject vascular diseases
dc.subject optical equipment
dc.subject coherent radiation
dc.subject images
dc.subject blood vessels
dc.subject beam scanners
dc.title Controlling for artifacts in widefield optical coherence tomography angiography measurements of non-perfusion area pt_BR
dc.type Artigo de periódico pt_BR
dc.identifier.vol 9 pt_BR
ipen.identifier.ipendoc 26419 pt_BR
sigepi.autor.atividade FREITAS, ANDERSON Z. de:880:920:N pt_BR
sigepi.autor.atividade PRETTO, LUCAS R. de:11268:920:S pt_BR
dc.coverage I pt_BR
dc.creator.author PRETTO, LUCAS R. de pt_BR
dc.creator.author MOULT, ERIC M. pt_BR
dc.creator.author ALIBHAI, A.Y. pt_BR
dc.creator.author CARRASCO-ZEVALLOS, OSCAR M. pt_BR
dc.creator.author CHEN, SIYU pt_BR
dc.creator.author LEE, BYUNGKUN pt_BR
dc.creator.author WITKIN, ANDRE J. pt_BR
dc.creator.author BAUMAL, CAROLINE R. pt_BR
dc.creator.author REICHEL, ELIAS pt_BR
dc.creator.author FREITAS, ANDERSON Z. de pt_BR
dc.creator.author DUKER, JAY S. pt_BR
dc.creator.author WAHEED, NADIA K. pt_BR
dc.creator.author FUJIMOTO, JAMES G. pt_BR
ipen.autor FREITAS, ANDERSON Z. de pt_BR
ipen.autor PRETTO, LUCAS R. de pt_BR
ipen.date.recebimento 19-11
ipen.identifier.fi 3.998 pt_BR
ipen.identifier.iwos WoS pt_BR
ipen.codigoautor 880 pt_BR
ipen.codigoautor 11268 pt_BR
dc.description.sponsorshipID FAPESP: 16/17342-0; 15/15775-3 pt_BR
dc.identifier.doi 10.1038/s41598-019-43958-1 pt_BR
dc.identifier.orcid 0000-0002-5018-9126 pt_BR
dc.identifier.percentilfi 76.761 pt_BR
dc.identifier.percentilfiCiteScore 93.00
ipen.identifier.fiCiteScore 7.2


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Autor: Maprelian

Título: loss of coolant

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Ano de publicação: 2015

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O gerenciamento do Repositório está a cargo da Biblioteca do IPEN. Constam neste RI, até o presente momento 20.950 itens que tanto podem ser artigos de periódicos ou de eventos nacionais e internacionais, dissertações e teses, livros, capítulo de livros e relatórios técnicos. Para participar do RI-IPEN é necessário que pelo menos um dos autores tenha vínculo acadêmico ou funcional com o Instituto. Nesta primeira etapa de funcionamento do RI, a coleta das publicações é realizada periodicamente pela equipe da Biblioteca do IPEN, extraindo os dados das bases internacionais tais como a Web of Science, Scopus, INIS, SciElo além de verificar o Currículo Lattes. O RI-IPEN apresenta também um aspecto inovador no seu funcionamento. Por meio de metadados específicos ele está vinculado ao sistema de gerenciamento das atividades do Plano Diretor anual do IPEN (SIGEPI). Com o objetivo de fornecer dados numéricos para a elaboração dos indicadores da Produção Cientifica Institucional, disponibiliza uma tabela estatística registrando em tempo real a inserção de novos itens. Foi criado um metadado que contém um número único para cada integrante da comunidade científica do IPEN. Esse metadado se transformou em um filtro que ao ser acionado apresenta todos os trabalhos de um determinado autor independente das variáveis na forma de citação do seu nome.

A elaboração do projeto do RI do IPEN foi iniciado em novembro de 2013, colocado em operação interna em julho de 2014 e disponibilizado na Internet em junho de 2015. Utiliza o software livre Dspace, desenvolvido pelo Massachusetts Institute of Technology (MIT). Para descrição dos metadados adota o padrão Dublin Core. É compatível com o Protocolo de Arquivos Abertos (OAI) permitindo interoperabilidade com repositórios de âmbito nacional e internacional.

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2. A experiência do Instituto de Pesquisas Energéticas e Nucleares (IPEN-CNEN/SP) na criação de um Repositório Digital Institucional – RDI, clique aqui.

O Repositório Digital do IPEN é um equipamento institucional de acesso aberto, criado com o objetivo de reunir, preservar, disponibilizar e conferir maior visibilidade à Produção Científica publicada pelo Instituto, desde sua criação em 1956.

Operando, inicialmente como uma base de dados referencial o Repositório foi disponibilizado na atual plataforma, em junho de 2015. No Repositório está disponível o acesso ao conteúdo digital de artigos de periódicos, eventos, nacionais e internacionais, livros, capítulos, dissertações, teses e relatórios técnicos.

A elaboração do projeto do RI do IPEN foi iniciado em novembro de 2013, colocado em operação interna em julho de 2014 e disponibilizado na Internet em junho de 2015. Utiliza o software livre Dspace, desenvolvido pelo Massachusetts Institute of Technology (MIT). Para descrição dos metadados adota o padrão Dublin Core. É compatível com o Protocolo de Arquivos Abertos (OAI) permitindo interoperabilidade com repositórios de âmbito nacional e internacional.

O gerenciamento do Repositório está a cargo da Biblioteca do IPEN. Constam neste RI, até o presente momento 20.950 itens que tanto podem ser artigos de periódicos ou de eventos nacionais e internacionais, dissertações e teses, livros, capítulo de livros e relatórios técnicos. Para participar do RI-IPEN é necessário que pelo menos um dos autores tenha vínculo acadêmico ou funcional com o Instituto. Nesta primeira etapa de funcionamento do RI, a coleta das publicações é realizada periodicamente pela equipe da Biblioteca do IPEN, extraindo os dados das bases internacionais tais como a Web of Science, Scopus, INIS, SciElo além de verificar o Currículo Lattes. O RI-IPEN apresenta também um aspecto inovador no seu funcionamento. Por meio de metadados específicos ele está vinculado ao sistema de gerenciamento das atividades do Plano Diretor anual do IPEN (SIGEPI). Com o objetivo de fornecer dados numéricos para a elaboração dos indicadores da Produção Cientifica Institucional, disponibiliza uma tabela estatística registrando em tempo real a inserção de novos itens. Foi criado um metadado que contém um número único para cada integrante da comunidade científica do IPEN. Esse metadado se transformou em um filtro que ao ser acionado apresenta todos os trabalhos de um determinado autor independente das variáveis na forma de citação do seu nome.