INSTITUTO DE PESQUISAS ENERGÉTICAS E NUCLEARES
Repositório Digital da Produção Técnico Científica

Plasma proteome responses in zebrafish following λ-carrageenan-Induced inflammation are mediated by PMN leukocytes and correlate highly with their human counterparts

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dc.date 2022 pt_BR
dc.date.accessioned 2022-12-07T19:02:08Z
dc.date.available 2022-12-07T19:02:08Z
dc.identifier.issn 1664-3224 pt_BR
dc.identifier.uri http://repositorio.ipen.br/handle/123456789/33416
dc.description.abstract Regulation of inflammation is a critical process for maintaining physiological homeostasis. The λ-carrageenan (λ-CGN) is a mucopolysaccharide extracted from the cell wall of red algae (Chondrus crispus) capable of inducing acute intestinal inflammation, which is translated into the production of acute phase reactants secreted into the blood circulation. However, the associated mechanisms in vertebrates are not well understood. Here, we investigated the crucial factors behind the inflammatory milieu of λ-CGN-mediated inflammation administered at 0, 1.75, and 3.5% (v/w) by i.p. injection into the peritoneal cavity of adult zebrafish (ZF) (Danio rerio). We found that polymorphonuclear leukocytes (neutrophils) and lymphocytes infiltrating the ZF peritoneal cavity had short-term persistence. Nevertheless, they generate a strong pattern of inflammation that affects systemically and is enough to produce edema in the cavity. Consistent with these findings, cell infiltration, which causes notable tissue changes, resulted in the overexpression of several acute inflammatory markers at the protein level. Using reversed-phase high-performance liquid chromatography followed by a hybrid linear ion-trap mass spectrometry shotgun proteomic approach, we identified 2938 plasma proteins among the animals injected with PBS and 3.5% λ-CGN. First, the bioinformatic analysis revealed the composition of the plasma proteome. Interestingly, 72 commonly expressed proteins were recorded among the treated and control groups, but, surprisingly, 2830 novel proteins were differentially expressed exclusively in the λ-CGN-induced group. Furthermore, from the commonly expressed proteins, compared to the control group 62 proteins got a significant (p < 0.05) upregulation in the λ-CGN-treated group, while the remaining ten proteins were downregulated. Next, we obtained the major protein-protein interaction networks between hub protein clusters in the blood plasma of the λ-CGN induced group. Moreover, to understand the molecular underpinnings of these effects based on the unveiled protein sets, we performed a bioinformatic structural similarity analysis and generated overlapping 3D reconstructions between ZF and humans during acute inflammation. Biological pathway analysis pointed to the activation and abundance of diverse classical immune and acute phase reactants, several catalytic enzymes, and varied proteins supporting the immune response. Together, this information can be used for testing and finding novel pharmacological targets to treat human intestinal inflammatory diseases. pt_BR
dc.description.sponsorship Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) pt_BR
dc.description.sponsorship Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) pt_BR
dc.format.extent 1-21 pt_BR
dc.relation.ispartof Frontiers in Immunology pt_BR
dc.rights openAccess pt_BR
dc.subject glycoproteins
dc.subject immunity
dc.subject fishes
dc.subject proteins
dc.title Plasma proteome responses in zebrafish following λ-carrageenan-Induced inflammation are mediated by PMN leukocytes and correlate highly with their human counterparts pt_BR
dc.type Artigo de periódico pt_BR
dc.identifier.vol 13 pt_BR
ipen.identifier.ipendoc 29050 pt_BR
sigepi.autor.atividade RIBEIRO, MARTHA S.:574:920:N pt_BR
sigepi.autor.atividade FREITAS, ANDERSON Z.:880:920:N pt_BR
sigepi.autor.atividade YOSHIMURA, TANIA M.:10230:110:N pt_BR
dc.coverage I pt_BR
dc.creator.author CHARLIE-SILVA, IVES pt_BR
dc.creator.author FEITOSA, NATALIA M. pt_BR
dc.creator.author PONTES, LETICIA G. pt_BR
dc.creator.author FERNANDES, BIANCA H. pt_BR
dc.creator.author NOBREGA, RAFAEL H. pt_BR
dc.creator.author GOMES, JULIANA M.M. pt_BR
dc.creator.author PRATA, MARIANA N.L. pt_BR
dc.creator.author FERRARIS, FAUSTO K. pt_BR
dc.creator.author MELO, DANIELA C. pt_BR
dc.creator.author CONDE, GABRIEL pt_BR
dc.creator.author RODRIGUES, LETICIA F. pt_BR
dc.creator.author ARACATI, MAYUMI F. pt_BR
dc.creator.author CORREA-JUNIOR, JOSE D. pt_BR
dc.creator.author MANRIQUE, WILSON G. pt_BR
dc.creator.author SUPERIO, JOSHUA pt_BR
dc.creator.author GARCEZ, AGUINALDO S. pt_BR
dc.creator.author CONCEICAO, KATIA pt_BR
dc.creator.author YOSHIMURA, TANIA M. pt_BR
dc.creator.author NUNEZ, SILVIA C. pt_BR
dc.creator.author ETO, SILAS F. pt_BR
dc.creator.author FERNANDES, DAYANNE C. pt_BR
dc.creator.author FREITAS, ANDERSON Z. pt_BR
dc.creator.author RIBEIRO, MARTHA S. pt_BR
dc.creator.author NEDOLUZHKO, ARTEM pt_BR
dc.creator.author LOPES-FERREIRA, MONICA pt_BR
dc.creator.author BORRA, RICARDO C. pt_BR
dc.creator.author BARCELLOS, LEONARDO J.G. pt_BR
dc.creator.author PEREZ, ANDREA C. pt_BR
dc.creator.author MALAFAIA, GUILHEME pt_BR
dc.creator.author CUNHA, THIAGO M. pt_BR
dc.creator.author BELO, MARCO A.A. pt_BR
dc.creator.author GALINDO-VILLEGAS, JORGE pt_BR
ipen.autor RIBEIRO, MARTHA S. pt_BR
ipen.autor FREITAS, ANDERSON Z. pt_BR
ipen.autor YOSHIMURA, TANIA M. pt_BR
ipen.date.recebimento 22-12
ipen.identifier.fi 7.3 pt_BR
ipen.identifier.iwos WoS pt_BR
ipen.codigoautor 574 pt_BR
ipen.codigoautor 880 pt_BR
ipen.codigoautor 10230 pt_BR
dc.description.sponsorshipID FAPESP: 13/25971-9; 19/19939-1 pt_BR
dc.description.sponsorshipID CNPq: 301473/2016-1 pt_BR
dc.identifier.doi 10.3389/fimmu.2022.1019201 pt_BR
dc.identifier.orcid 0000-0002-4203-1134 pt_BR
dc.identifier.orcid 0000-0002-5018-9126 pt_BR
dc.identifier.percentilfi 78.6 pt_BR
dc.identifier.percentilfiCiteScore 76.5 pt_BR
ipen.identifier.fiCiteScore 9.4 pt_BR


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O gerenciamento do Repositório está a cargo da Biblioteca do IPEN. Constam neste RI, até o presente momento 20.950 itens que tanto podem ser artigos de periódicos ou de eventos nacionais e internacionais, dissertações e teses, livros, capítulo de livros e relatórios técnicos. Para participar do RI-IPEN é necessário que pelo menos um dos autores tenha vínculo acadêmico ou funcional com o Instituto. Nesta primeira etapa de funcionamento do RI, a coleta das publicações é realizada periodicamente pela equipe da Biblioteca do IPEN, extraindo os dados das bases internacionais tais como a Web of Science, Scopus, INIS, SciElo além de verificar o Currículo Lattes. O RI-IPEN apresenta também um aspecto inovador no seu funcionamento. Por meio de metadados específicos ele está vinculado ao sistema de gerenciamento das atividades do Plano Diretor anual do IPEN (SIGEPI). Com o objetivo de fornecer dados numéricos para a elaboração dos indicadores da Produção Cientifica Institucional, disponibiliza uma tabela estatística registrando em tempo real a inserção de novos itens. Foi criado um metadado que contém um número único para cada integrante da comunidade científica do IPEN. Esse metadado se transformou em um filtro que ao ser acionado apresenta todos os trabalhos de um determinado autor independente das variáveis na forma de citação do seu nome.

A elaboração do projeto do RI do IPEN foi iniciado em novembro de 2013, colocado em operação interna em julho de 2014 e disponibilizado na Internet em junho de 2015. Utiliza o software livre Dspace, desenvolvido pelo Massachusetts Institute of Technology (MIT). Para descrição dos metadados adota o padrão Dublin Core. É compatível com o Protocolo de Arquivos Abertos (OAI) permitindo interoperabilidade com repositórios de âmbito nacional e internacional.

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A elaboração do projeto do RI do IPEN foi iniciado em novembro de 2013, colocado em operação interna em julho de 2014 e disponibilizado na Internet em junho de 2015. Utiliza o software livre Dspace, desenvolvido pelo Massachusetts Institute of Technology (MIT). Para descrição dos metadados adota o padrão Dublin Core. É compatível com o Protocolo de Arquivos Abertos (OAI) permitindo interoperabilidade com repositórios de âmbito nacional e internacional.

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