INSTITUTO DE PESQUISAS ENERGÉTICAS E NUCLEARES
Repositório Digital da Produção Técnico Científica

Navegação Periódicos - Artigos por Agências de fomento "Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ)"

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  • IPEN-DOC 29870

    PALLOTTA, JUAN V.; CARVALHO, SILVANIA A. de; LOPES, FABIO J. da S. ; CACHEFFO, ALEXANDRE; LANDULFO, EDUARDO ; BARBOSA, HENRIQUE M.J.. Collaborative development of the Lidar Processing Pipeline (LPP) for retrievals of atmospheric aerosols and clouds. Geoscientific Instrumentation Methods and Data Systems, v. 12, n. 2, p. 171-185, 2023. DOI: 10.5194/gi-12-171-2023

    Abstract: Atmospheric lidars can simultaneously measure clouds and aerosols with high temporal and spatial resolution and hence help understand cloud–aerosol interactions, which are the source of major uncertainties in future climate projections. However, atmospheric lidars are typically custom-built, with significant differences between them. In this sense, lidar networks play a crucial role as they coordinate the efforts of different groups, provide guidelines for quality-assured routine measurements and opportunities for side-by-side instrument comparisons, and enforce algorithm validation, all aiming to homogenize the physical retrievals from heterogeneous instruments in a network. Here we provide a high-level overview of the Lidar Processing Pipeline (LPP), an ongoing, collaborative, and open-source coordinated effort in Latin America. The LPP is a collection of tools with the ultimate goal of handling all the steps of a typical analysis of lidar measurements. The modular and configurable framework is generic enough to be applicable to any lidar instrument. The first publicly released version of the LPP produces data files at levels 0 (raw and metadata), 1 (averaging and layer mask), and 2 (aerosol optical properties). We assess the performance of the LPP through quantitative and qualitative analyses of simulated and measured elastic lidar signals. For noiseless synthetic 532 nm elastic signals with a constant lidar ratio (LR), the root mean square error (RMSE) in aerosol extinction within the boundary layer is about 0.1 %. In contrast, retrievals of aerosol backscatter from noisy elastic signals with a variable LR have an RMSE of 11 %, mostly due to assuming a constant LR in the inversion. The application of the LPP for measurements in São Paulo, further constrained by co-located AERONET data, retrieved a lidar ratio of 69.9 ± 5.2 sr at 532 nm, in agreement with reported values for urban aerosols. Over the Amazon, analysis of a 6 km thick multi-layer cirrus found a cloud optical depth of about 0.46, also in agreement with previous studies. From this exercise, we identify the need for new features and discuss a roadmap to guide future development, accommodating the needs of our community.

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  • IPEN-DOC 29639

    SANTOS, SOFIA N. dos ; GUSHIKEN JUNIOR, DINO S. ; PEREIRA, JHONATAS P.M. ; IADOCICCO, NATALIA M. ; SILVA, ANDRE H. ; NASCIMENTO, TATIELLE do; DIAS, LUIS A.P. ; SILVA, FLAVIA R. de O. ; RICCI-JUNIOR, EDUARDO; SANTOS-OLIVEIRA, RALPH; BERNARDES, EMERSON S. . Development of glycan‑targeted nanoparticles as a novel therapeutic opportunity for gastric cancer treatment. Cancer Nanotechnology, v. 14, n. 1, p. 1-21, 2023. DOI: 10.1186/s12645-023-00161-2

    Abstract: Chemotherapy resistance remains a major cause of therapeutic failure in gastric cancer. The combination of genetic material such as interference RNAs (iRNAs) to silence cancer-associated genes with chemotherapeutics has become a novel approach for cancer treatment. However, finding the right target genes and developing non-toxic, highly selective nanocarrier systems remains a challenge. Here we developed a novel sialyl-Tn-targeted polylactic acid—didodecyldimethylammonium bromide nanoparticle (PLA-DDAB) nanoparticles (NPs) loaded with dsRNA targeting ST6GalNac-I and/or galectin-3 genes. Using single photon emission computed tomography (SPECT), we have demonstrated that 99mtechnetium radiolabeled sialyl-Tn-targeted nanoparticles can reach the tumor site and downregulate ST6GalNAc-I and galectin-3 RNA expression levels when injected intravenously. Furthermore, using an in vivo gastric tumor model, these nanoparticles increased the effectiveness of 5-FU in reducing tumor growth. Our findings indicate that cancer-associated glycan-targeted NPs loaded with dsRNA targeting ST6GalNAc-I and/or galectin-3 in combination with standard chemotherapy, have the potential to become a novel therapeutic tool for gastric cancer.

    Palavras-Chave: neoplasms; stomach; rna; antigens; chemotherapy

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  • IPEN-DOC 27158

    FARIA, FABIO H.C.; KINOSHITA, ANGELA; CARVALHO, ISMAR de S.; ARAUJO-JUNIOR, HERMINIO I. de; PEGORIN, PRISCILA; FIGUEIREDO, ANA M.G. ; BAFFA, OSWALDO. ESR dating of late Quaternary megafauna fossils from João Dourado, Bahia, Brazil. Journal of South American Earth Sciences, v. 101, p. 1-7, 2020. DOI: 10.1016/j.jsames.2020.102586

    Abstract: We applied the ESR (Electron Spin Resonance) dating method to fossils of Notiomastodon platensis (two teeth) and Toxodontinae (two teeth) found in the fossiliferous deposit of Lajedão do Patrício, João Dourado, State of Bahia, Brazil, to identify the period of formation of this fossil accumulation. Neutron Activation Analysis was applied to determine the concentrations of the main radioisotopes in enamel, dentine and sediment. The ages found for N. platensis are 16.8 ± 2.6 ka and 12.5 ± 2.3 ka, while the ages for Toxodontinae are 9.6 ± 1 ka and 9.1 ± 1 ka. The results for Notiomastodon. platensis and Toxodontinae are similar to other fossiliferous of Brazil. The estimated maximum time-averaging for Lajedão do Patrício is 11.3 ka, indicating a long period of accumulation of skeletal remains, attributed to resedimentation and reworking. The crossing between the period of formation of fossil assemblage Lajedão do Patrício and ages of climatic variations diponible in paleoclimatic curves produced for the Quaternary of northeastern Brazil indicates different climatic and environmental conditions during the formation of the deposit.

    Palavras-Chave: fossils; electron spin resonance; quaternary period; teeth; dentin; enamels; tanks; time dependence; vertebrates; sediments

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  • IPEN-DOC 28329

    RIBEIRO, RICARDO da C.; KINOSHITA, ANGELA; ARAUJO-JUNIOR, HERMINIO I.; FIGUEIREDO, ANA M.G. ; CARVALHO, ISMAR de S.; BAFFA, OSWALDO. ESR dating of Toxodon teeth from Baixa Grande, Bahia, Brazil. Journal of South American Earth Sciences, v. 112, p. 1-6, 2021. DOI: 10.1016/j.jsames.2021.103616

    Abstract: Although the extinct Quaternary megafauna is widely recorded in northeastern Brazil, geochronological studies carried out on its fossiliferous deposits are still scarce. In this study, Electron Spin Resonance (ESR) was applied to date 12 tooth fragments of Toxodon platensis (Mammalia, Notoungulata) collected in the tank deposit of Lago do Rumo, Baixa Grande, state of Bahia, Brazil. The results obtained in the geochronological analysis performed here reveal ages from around 60 ka to 34 ka for T. platensis in Lagoa do Rumo; and, considering the integration data in the paleontological literature, our results evidence the largest time-averaging ever recorded for tank deposits: around 51 thousand years.

    Palavras-Chave: fossils; archaeological specimens; teeth; quaternary period; electron spin resonance; age estimation

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  • IPEN-DOC 28866

    LOPES, FABIO J. da S. ; CARVALHO, SILVANIA A.; CATALANI, FERNANDO; SILVA, JONATAN J. da ; ALMEIDA, ROGERIO M. de; RIBEIRO, FABIO de J.; FELLOWS, CARLOS E.; LANDULFO, EDUARDO ; MENEGATTI, CARLOS R.; PEIXOTO, CARLOS J.T.. First lidar campaign in the industrial sites of Volta Redonda-RJ and Lorena-SP, Brazil. Remote Sensing, v. 14, n. 7, p. 1-21, 2022. DOI: 10.3390/rs14071675

    Abstract: We report on the first aerosol profiling campaign in the Paraíba valley, a hub connecting the region between the two largest Brazilian metropolitan areas, São Paulo and Rio de Janeiro. São Paulo Sanitation Technology Company (CETESB) air quality and Cloud-Aerosol Lidar and Infrared Pathfinder Satellite Observations (CALIPSO) data show homogeneous behavior of the atmosphere throughout the region. A more detailed description of the particulate material in the local atmosphere, including its temporal dependence, can be obtained by using ground-based lidars. Measurements were carried out with a backscatter lidar system in two industrial cities, Volta Redonda and Lorena. The aerosol backscatter profiles present several peaks at different altitudes, indicating the presence of aerosol in several atmospheric layers. In addition, The Hybrid Single Particle Lagrangian Integrated Trajectory (HYSPLIT) air-mass back-trajectories indicate a possible detection of long-range aerosol transported from biomass burning areas of South America. The present study emphasizes the importance of investigating and monitoring the emission of particulate matter at this important hub connection between two dense populated regions of Brazil.

    Palavras-Chave: optical radar; satellites; aerosol monitoring; atmospheres; industrial wastes; pollution

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  • IPEN-DOC 28813

    MOREIRA, GREGORI de A. ; OLIVEIRA, AMAURI P. de; SANCHEZ, MACIEL P.; CODATO, GEORGIA; LOPES, FABIO J. da S. ; LANDULFO, EDUARDO ; MARQUES FILHO, EDSON P.. Performance assessment of aerosol-lidar remote sensing skills to retrieve the time evolution of the urban boundary layer height in the Metropolitan Region of São Paulo City, Brazil. Atmospheric Research, v. 277, p. 1-16, 2022. DOI: 10.1016/j.atmosres.2022.106290

    Abstract: This paper investigates the performance of seven methods of retrieving the planetary boundary layer height (PBLH) from lidar measurements carried out in the Metropolitan Region of S˜ao Paulo (MRSP) during two MCITY-BRAZIL field campaigns of 2013. The performance is objectively assessed considering as reference the PBLH retrieved from rawinsonde carried out every 3 h during these campaigns. The role of clouds and aerosol load in the performance of the seven methods is analysed considering three case study scenarios representative of typical atmospheric conditions in the MRSP: (a) winter clean atmosphere, (b) summer low clouds and aerosol multilayers, (c) summer sea-breeze intrusion. Corroborating the case study results, the objective analysis indicated that most of the lidar methods retrieved PBLH closer to the top of the entrainment zone than the mixed layer, contradicting their definition. During daytime, the Wavelet Covariance Transform Method performs better than all the other six methods. The Inflexion Point Method performed better to estimate the Residual Layer height during night-time. In average, the diurnal evolution of the PBLH and its local rate of change based on lidar and rawinsonde measurements are in agreement.

    Palavras-Chave: aerosols; remote sensing; optical radar; urban areas; boundary layers

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  • IPEN-DOC 25618

    AVILLA, LEONARDO S.; MACHADO, HELENA; ARAUJO-JUNIOR, HERMINIO I. de; MOTHE, DIMILA; ROTTI, ALLINE; OLIVEIRA, KAROLINY de; MALDONADO, VICTORIA; FIGUEIREDO, ANA M.G. ; KINOSHITA, ANGELA; BAFFA, OSWALDO. Pleistocene EQUUS (Equidae: Mammalia) from Northern Brazil: evidence of scavenger behavior by ursids on south american horses. Ameghiniana, v. 55, n. 5, p. 517-530, 2018. DOI: 10.5710/AMGH.05.07.2018.3069

    Abstract: During paleontological surveys conducted in 2013 and 2014 in Quaternary deposits from the Gruta do Urso cave, Tocantins State, nine isolated teeth and five postcranial elements of Equus neogeus were recovered. Absolute datings indicate that E. neogeus inhabited the surroundings of Gruta do Urso cave during the Last Glacial Maximum. The specimens probably represent very young individuals that died outside the cave, were weathered prior to the final burial, with ontogenetic and taphonomic similarities. Herein, we report the first scavenger interaction of ursids and equids in the South American fossil record.

    Palavras-Chave: paleontology; fossils; archaeological specimens; species diversity; age estimation; animals; biological evolution; rock caverns; caves; south america

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  • IPEN-DOC 25199

    BRITO, TARCISIO; JULIO, ALISON; BERNI, MATEUS; PONCIO, LISIANE de C.; BERNARDES, EMERSON S. ; ARAUJO, HELENA; SAMMETH, MICHAEL; PANE, ATTILIO. Transcriptomic and functional analyses of the piRNA pathway in the Chagas disease vector Rhodnius prolixus. PLOS Neglected Tropical Diseases, v. 12, n. 10, p. e0006760-1 - e0006760-20, 2018. DOI: 10.1371/journal.pntd.0006760

    Abstract: The piRNA pathway is a surveillance system that guarantees oogenesis and adult fertility in a range of animal species. The pathway is centered on PIWI clade Argonaute proteins and the associated small non-coding RNAs termed piRNAs. In this study, we set to investigate the evolutionary conservation of the piRNA pathway in the hemimetabolous insect Rhodnius prolixus. Our transcriptome profiling reveals that core components of the pathway are expressed during previtellogenic stages of oogenesis. Rhodnius' genome harbors four putative piwi orthologs. We show that Rp-piwi2, Rp-piwi3 and Rp-ago3, but not Rp-piwi1 transcripts are produced in the germline tissues and maternally deposited in the mature eggs. Consistent with a role in Rhodnius oogenesis, parental RNAi against the Rp-piwi2, Rp-piwi3 and Rp-ago3 results in severe egg laying and female adult fertility defects. Furthermore, we show that the reduction of the Rp-piwi2 levels by parental RNAi disrupts oogenesis by causing a dramatic loss of trophocytes, egg chamber degeneration and oogenesis arrest. Intriguingly, the putative Rp-Piwi2 protein features a polyglutamine tract at its N-terminal region, which is conserved in PIWI proteins encoded in the genome of other Triatomine species. Together with R. prolixus, these hematophagous insects are primary vectors of the Chagas disease. Thus, our data shed more light on the evolution of the piRNA pathway and provide a framework for the development of new control strategies for Chagas disease insect vectors.

    Palavras-Chave: trypanosoma; protozoa; insects; proteins; rna processing; drosophila; disease vectors

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O gerenciamento do Repositório está a cargo da Biblioteca do IPEN. Constam neste RI, até o presente momento 20.950 itens que tanto podem ser artigos de periódicos ou de eventos nacionais e internacionais, dissertações e teses, livros, capítulo de livros e relatórios técnicos. Para participar do RI-IPEN é necessário que pelo menos um dos autores tenha vínculo acadêmico ou funcional com o Instituto. Nesta primeira etapa de funcionamento do RI, a coleta das publicações é realizada periodicamente pela equipe da Biblioteca do IPEN, extraindo os dados das bases internacionais tais como a Web of Science, Scopus, INIS, SciElo além de verificar o Currículo Lattes. O RI-IPEN apresenta também um aspecto inovador no seu funcionamento. Por meio de metadados específicos ele está vinculado ao sistema de gerenciamento das atividades do Plano Diretor anual do IPEN (SIGEPI). Com o objetivo de fornecer dados numéricos para a elaboração dos indicadores da Produção Cientifica Institucional, disponibiliza uma tabela estatística registrando em tempo real a inserção de novos itens. Foi criado um metadado que contém um número único para cada integrante da comunidade científica do IPEN. Esse metadado se transformou em um filtro que ao ser acionado apresenta todos os trabalhos de um determinado autor independente das variáveis na forma de citação do seu nome.

A elaboração do projeto do RI do IPEN foi iniciado em novembro de 2013, colocado em operação interna em julho de 2014 e disponibilizado na Internet em junho de 2015. Utiliza o software livre Dspace, desenvolvido pelo Massachusetts Institute of Technology (MIT). Para descrição dos metadados adota o padrão Dublin Core. É compatível com o Protocolo de Arquivos Abertos (OAI) permitindo interoperabilidade com repositórios de âmbito nacional e internacional.

1. Portaria IPEN-CNEN/SP nº 387, que estabeleceu os princípios que nortearam a criação do RDI, clique aqui.


2. A experiência do Instituto de Pesquisas Energéticas e Nucleares (IPEN-CNEN/SP) na criação de um Repositório Digital Institucional – RDI, clique aqui.

O Repositório Digital do IPEN é um equipamento institucional de acesso aberto, criado com o objetivo de reunir, preservar, disponibilizar e conferir maior visibilidade à Produção Científica publicada pelo Instituto, desde sua criação em 1956.

Operando, inicialmente como uma base de dados referencial o Repositório foi disponibilizado na atual plataforma, em junho de 2015. No Repositório está disponível o acesso ao conteúdo digital de artigos de periódicos, eventos, nacionais e internacionais, livros, capítulos, dissertações, teses e relatórios técnicos.

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