INSTITUTO DE PESQUISAS ENERGÉTICAS E NUCLEARES
Repositório Digital da Produção Técnico Científica

Navegação Eventos - Resumos por título da publicação "FTIR spectroscopy"

Navegação Eventos - Resumos por título da publicação "FTIR spectroscopy"

Classificar por: Ordenar: Resultados:

  • IPEN-DOC 25945

    LIMA, CASSIO ; CORREA, LUCIANA; BYRNE, HUGH; ZEZELL, DENISE M. . FTIR spectroscopy: a valuable tool to diagnose cutaneous tumors. In: NEXT FRONTIERS TO CURE CANCER, 10-12 de maio, 2018, São Paulo, SP. Abstract... São Paulo: A.C.Camargo Cancer Center, 2018.

    Abstract: Biological molecular bonds with an electric dipole moment that can change by atomic displacement due to natural vibrations are infrared active and therefore are quantitatively measured by Fourier transform Infrared Spectroscopy (FTIR), which is a rapid and label-free analytical tool that has been used to study the chemical interactions between biomolecules. The potential of FTIR spectroscopy as a diagnostic tool to discriminate cancerous from healthy tissue in a non-subjective manner has been well demonstrated. However, translation into clinical practice has been relatively slow, mainly due to the expensive and fragile infrared substrates required to perform the measurements. Thus, this study aims to demonstrate the ability of FTIR microspectroscopy to discriminate healthy skin from hyperplastic, papilloma and squamous cell carcinoma using standard H&E stained samples placed on glass slides. After approval of the ethics committee for research on animals (Comite de Etica no Uso de Animais, CEUA) of Instituto de Pesquisas Energéticas e Nucleares (IPEN) (project no. 164/15-CEUA-IPEN/SP), cutaneous neoplastic lesions were chemically-induced in the back of Swiss mice using a well- -stablished two-stage carcinogenesis protocol [1]. Healthy tissue was collected from animals non-exposed to chemicals and different diseased stages (hyperplastic epidermis, papillomatous lesions and squamous cell carcinoma (SCC)) were obtained by varying the exposure time of the animals to carcinogenenic factors.Tissue sections of 5 μm thickness were obtained from formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE), hematoxylin & eosin stained and placed on glass slides. FTIR images were acquired in transmission mode over the spectral range 3000-3800 cm-1 with a pixel size of 6.25 × 6.25 μm at a spectral resolution of 4 cm-1. Spectral data were vector normalised and subjected to smoothing using Savitzky–Golay filtering with a polynomial of second order in an eleven point window. Principal components analysis (PCA) was applied and the PC scores were used as input data for linear discriminant analysis (PC-LDA) in a binary classification test. The groups were pairwise compared and the method was validated by leave-one-out cross-validation (LOOCV). All pre-processing and spectral analysis were performed on Matlab® R2017. Considering the sensitivity as the proportion of spectra collected from healthy tissue correctly identified in the healthy group and specificity as the proportion of spectra measured from neoplastic skin correctly associated to neoplastic group, the performance of classification obtained by PC-LDA was calculated for each pairwise comparison: Healthy × Hyperplastic, Healthy × Papilloma, Healthy × SCC, Hyperplastic × Papilloma, Hyperplastic × SCC, Papilloma × SCC. Sensitivity and specificity values over 90% were obtained for all groups compared, indicating that the information retained by bands peaking at 3000-3700 cm-1 in the infrared spectra — associated with the stretching vibrational modes of N-H, O-H and C-H chemical bonds on biological tissue — can discriminate normal and malignant tissue using H&E stained samples placed on glass slides. Thus, FTIR spectroscopy associated to PC-LDA as a binary classification test may be used as a complementary tool to help physicians to detect early stages of skin cancer, as well as to differentiate different types of cutaneous tumors.

    Como referenciar este item
    Icon

  • IPEN-DOC 25605

    CASTRO, PEDRO ; LIMA, CASSIO ; ZORN, TELMA M.T.; ZEZELL, DENISE M. . FTIR spectroscopy: an optical method to study wound healing process. In: LATIN AMERICA OPTICS AND PHOTONICS CONFERENCE, November 12-15, 2018, Lima, Peru. Resumo expandido... Washington, DC, USA: OSA, 2018.

    Abstract: In this study, we investigated the ability of Fourier transform infrared spectroscopy to discriminate healthy tissue and thermal injury, aiming the development of an optical method to evaluate the wound healing process.

    Como referenciar este item
    Icon

A pesquisa no RD utiliza os recursos de busca da maioria das bases de dados. No entanto algumas dicas podem auxiliar para obter um resultado mais pertinente.

✔ É possível efetuar a busca de um autor ou um termo em todo o RD, por meio do Buscar no Repositório , isto é, o termo solicitado será localizado em qualquer campo do RD. No entanto esse tipo de pesquisa não é recomendada a não ser que se deseje um resultado amplo e generalizado.

✔ A pesquisa apresentará melhor resultado selecionando um dos filtros disponíveis em Navegar

✔ Os filtros disponíveis em Navegar tais como: Coleções, Ano de publicação, Títulos, Assuntos, Autores, Revista, Tipo de publicação são autoexplicativos. O filtro, Autores IPEN apresenta uma relação com os autores vinculados ao IPEN; o ID Autor IPEN diz respeito ao número único de identificação de cada autor constante no RD e sob o qual estão agrupados todos os seus trabalhos independente das variáveis do seu nome; Tipo de acesso diz respeito à acessibilidade do documento, isto é , sujeito as leis de direitos autorais, ID RT apresenta a relação dos relatórios técnicos, restritos para consulta das comunidades indicadas.

A opção Busca avançada utiliza os conectores da lógica boleana, é o melhor recurso para combinar chaves de busca e obter documentos relevantes à sua pesquisa, utilize os filtros apresentados na caixa de seleção para refinar o resultado de busca. Pode-se adicionar vários filtros a uma mesma busca.

Exemplo:

Buscar os artigos apresentados em um evento internacional de 2015, sobre loss of coolant, do autor Maprelian.

Autor: Maprelian

Título: loss of coolant

Tipo de publicação: Texto completo de evento

Ano de publicação: 2015

✔ Para indexação dos documentos é utilizado o Thesaurus do INIS, especializado na área nuclear e utilizado em todos os países membros da International Atomic Energy Agency – IAEA , por esse motivo, utilize os termos de busca de assunto em inglês; isto não exclui a busca livre por palavras, apenas o resultado pode não ser tão relevante ou pertinente.

✔ 95% do RD apresenta o texto completo do documento com livre acesso, para aqueles que apresentam o significa que e o documento está sujeito as leis de direitos autorais, solicita-se nesses casos contatar a Biblioteca do IPEN, bibl@ipen.br .

✔ Ao efetuar a busca por um autor o RD apresentará uma relação de todos os trabalhos depositados no RD. No lado direito da tela são apresentados os coautores com o número de trabalhos produzidos em conjunto bem como os assuntos abordados e os respectivos anos de publicação agrupados.

✔ O RD disponibiliza um quadro estatístico de produtividade, onde é possível visualizar o número dos trabalhos agrupados por tipo de coleção, a medida que estão sendo depositados no RD.

✔ Na página inicial nas referências são sinalizados todos os autores IPEN, ao clicar nesse símbolo será aberta uma nova página correspondente à aquele autor – trata-se da página do pesquisador.

✔ Na página do pesquisador, é possível verificar, as variações do nome, a relação de todos os trabalhos com texto completo bem como um quadro resumo numérico; há links para o Currículo Lattes e o Google Acadêmico ( quando esse for informado).

ATENÇÃO!

ESTE TEXTO "AJUDA" ESTÁ SUJEITO A ATUALIZAÇÕES CONSTANTES, A MEDIDA QUE NOVAS FUNCIONALIDADES E RECURSOS DE BUSCA FOREM SENDO DESENVOLVIDOS PELAS EQUIPES DA BIBLIOTECA E DA INFORMÁTICA.

O gerenciamento do Repositório está a cargo da Biblioteca do IPEN. Constam neste RI, até o presente momento 20.950 itens que tanto podem ser artigos de periódicos ou de eventos nacionais e internacionais, dissertações e teses, livros, capítulo de livros e relatórios técnicos. Para participar do RI-IPEN é necessário que pelo menos um dos autores tenha vínculo acadêmico ou funcional com o Instituto. Nesta primeira etapa de funcionamento do RI, a coleta das publicações é realizada periodicamente pela equipe da Biblioteca do IPEN, extraindo os dados das bases internacionais tais como a Web of Science, Scopus, INIS, SciElo além de verificar o Currículo Lattes. O RI-IPEN apresenta também um aspecto inovador no seu funcionamento. Por meio de metadados específicos ele está vinculado ao sistema de gerenciamento das atividades do Plano Diretor anual do IPEN (SIGEPI). Com o objetivo de fornecer dados numéricos para a elaboração dos indicadores da Produção Cientifica Institucional, disponibiliza uma tabela estatística registrando em tempo real a inserção de novos itens. Foi criado um metadado que contém um número único para cada integrante da comunidade científica do IPEN. Esse metadado se transformou em um filtro que ao ser acionado apresenta todos os trabalhos de um determinado autor independente das variáveis na forma de citação do seu nome.

A elaboração do projeto do RI do IPEN foi iniciado em novembro de 2013, colocado em operação interna em julho de 2014 e disponibilizado na Internet em junho de 2015. Utiliza o software livre Dspace, desenvolvido pelo Massachusetts Institute of Technology (MIT). Para descrição dos metadados adota o padrão Dublin Core. É compatível com o Protocolo de Arquivos Abertos (OAI) permitindo interoperabilidade com repositórios de âmbito nacional e internacional.

1. Portaria IPEN-CNEN/SP nº 387, que estabeleceu os princípios que nortearam a criação do RDI, clique aqui.


2. A experiência do Instituto de Pesquisas Energéticas e Nucleares (IPEN-CNEN/SP) na criação de um Repositório Digital Institucional – RDI, clique aqui.

O Repositório Digital do IPEN é um equipamento institucional de acesso aberto, criado com o objetivo de reunir, preservar, disponibilizar e conferir maior visibilidade à Produção Científica publicada pelo Instituto, desde sua criação em 1956.

Operando, inicialmente como uma base de dados referencial o Repositório foi disponibilizado na atual plataforma, em junho de 2015. No Repositório está disponível o acesso ao conteúdo digital de artigos de periódicos, eventos, nacionais e internacionais, livros, capítulos, dissertações, teses e relatórios técnicos.

A elaboração do projeto do RI do IPEN foi iniciado em novembro de 2013, colocado em operação interna em julho de 2014 e disponibilizado na Internet em junho de 2015. Utiliza o software livre Dspace, desenvolvido pelo Massachusetts Institute of Technology (MIT). Para descrição dos metadados adota o padrão Dublin Core. É compatível com o Protocolo de Arquivos Abertos (OAI) permitindo interoperabilidade com repositórios de âmbito nacional e internacional.

O gerenciamento do Repositório está a cargo da Biblioteca do IPEN. Constam neste RI, até o presente momento 20.950 itens que tanto podem ser artigos de periódicos ou de eventos nacionais e internacionais, dissertações e teses, livros, capítulo de livros e relatórios técnicos. Para participar do RI-IPEN é necessário que pelo menos um dos autores tenha vínculo acadêmico ou funcional com o Instituto. Nesta primeira etapa de funcionamento do RI, a coleta das publicações é realizada periodicamente pela equipe da Biblioteca do IPEN, extraindo os dados das bases internacionais tais como a Web of Science, Scopus, INIS, SciElo além de verificar o Currículo Lattes. O RI-IPEN apresenta também um aspecto inovador no seu funcionamento. Por meio de metadados específicos ele está vinculado ao sistema de gerenciamento das atividades do Plano Diretor anual do IPEN (SIGEPI). Com o objetivo de fornecer dados numéricos para a elaboração dos indicadores da Produção Cientifica Institucional, disponibiliza uma tabela estatística registrando em tempo real a inserção de novos itens. Foi criado um metadado que contém um número único para cada integrante da comunidade científica do IPEN. Esse metadado se transformou em um filtro que ao ser acionado apresenta todos os trabalhos de um determinado autor independente das variáveis na forma de citação do seu nome.